Johannes Stiller absolvierte sein Studium der Volkswirtschaftslehre an der Universität Regensburg und der Simon Fraser University in Burnaby, Kanada. Anschließend war er von 2011 bis 2018 als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Immobilienökonomie der Universität Regensburg tätig und promovierte dort.
Seit 2018 ist er als Wissenschaftler am Institut für Ländliche Räume des Johann Heinrich von Thünen-Instituts tätig, dem Bundesforschungsinstitut für Ländliche Räume, Wald und Fischerei. Der promovierte Volkswirt bearbeitet regional- und wissensökonomische Forschungsfelder, insbesondere im Kontext ländlicher Regionen Deutschlands.