Ludwig von Auer studierte Volkswirtschaftslehre in Kiel und Edinburgh, bevor er an der London School of Economics seinen Masterabschluss erwarb. Er promovierte an der Universität Kiel und wechselte anschließend an die Universität Magdeburg, wo er sich habilitierte. Im Jahr 2006 wurde er auf die Professur VWL III Makroökonomie an der Technischen Universität Chemnitz berufen. Seit 2007 hat er die Professur für Finanzwissenschaft an der Universität Trier inne.
In der Lehre deckt er gegenwärtig die Themen Finanzwissenschaft, Außenhandel, Energiewirtschaft und Ökonometrie ab. Er unterrichtet sowohl im Bachelorstudiengang als auch im englischsprachigen Masterstudiengang. Im Jahr 2014 erhielt er den Lehrpreis der Universität Trier.
Aktuelle Forschungsgebiete sind regionale Preisvergleiche, Inflationsmessung, Messung technischen Fortschritts, räumliche Konzentrationsmessung sowie Kartell- und Regulierungstheorie.