Lutz Eigenhüller studierte von 1992 bis 1998 Soziologie (M. A.) an der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg (FAU). Von 1998 bis 1999 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Soziologie der FAU und danach von 1999 bis 2002 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter im IAB in der Begleitforschung zum Sofortprogramm der Bundesregierung zum Abbau der Jugendarbeitslosigkeit tätig. Von 2002 bis 2004 arbeitete er als Referent für Arbeitsmarkt- und Berufsforschung in der Regionaldirektion Bayern (bis 2004 Landesarbeitsamt Bayern). Seit 2004 ist Lutz Eigenhüller wissenschaftlicher Mitarbeiter im Regionalen Forschungsnetz, Regionaleinheit Bayern, des IAB.