Hans-Dieter Gerner studierte Betriebs- und Volkswirtschaftslehre an der Technischen Hochschule Nürnberg, der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg (FAU) und der Wirtschaftsuniversität Prag (Abschluss als Diplom Volkswirt 2006). Von 2006 bis 2009 war Hans-Dieter Gerner Stipendiat im gemeinsamen Graduiertenprogramm des IAB und der FAU (Abschluss als Dr. rer. pol. 2009). Er war seit März 2009 wissenschaftlicher Mitarbeiter am Forschungsbereich „Betriebe und Beschäftigung“ des IAB und von März 2015 bis August 2017 zugleich Professor für Volkswirtschaftslehre und quantitative Methoden an der Hochschule Koblenz. Seit September 2017 ist er Professor für „Quantitative Methods in Business and Economics“ an der Technischen Hochschule Nürnberg Georg Simon Ohm.